Manchmal kommen in den Einstellungen innerhalb von Nextcloud kleinere Hinweise, dass man bestimmte Befehle ausführen soll. Dazu muss ich mich per SSH auf den Webserver einloggen und aktivieren. Das hatte bisher immer noch geklappt. Ist aber auch logisch, wenn die Dateiattribute auf 640 stehen. Also hab ich temporär mal die Attribute auf 770 gesetzt und ein ./ davor gesetzt. Also sowas wie "./occ db:convert-filecache-bigint"
Und siehe da es funktioniert plötzlich. So hab ich die Datenbank mal etwas optimiert (zumindest denke ich, dass es sinnvoll ist). Danach hab ich die Dateiattribute aber wieder auf 640 gesetzt. Das Ausführen Recht muss ja nicht dauerhaft aktiv sein.
Ist schließlich immer noch ein Webservice und wer weiß was andere so machen könnten. 
//Update 5.3.2022: Nachdem ich nun nicht mehr bei domainfactory sondern bei webgo meine Nextcloud hoste, reicht es wenn ich die "occ" Datei mit 740 berechtige. So kann der Webserver die Datei lesen, schreiben und ausführen und die Gruppe die Datei nur lesen.
Ein 650 würde hier nicht funktionieren, da ich mich immer mit dem Benutzer vom Webserver per SSH einlogge und dieser quasi der Besitzer der Datei ist.
Das Thema chmod und die Dateirechte ist nicht ganz einfach, deshalb hier auch nochmal ein Link zu einer allgemeine Erklärung.